Air keras mengandungi kepekatan tinggi kalsium, magnesium, dan garam mineral lain yang, apabila dipanaskan dan disejat, boleh membentuk mendapan skala pada permukaan penukar haba kondenser yang disejukkan air. Dari masa ke masa, skala ini bertindak sebagai penghalang penebat antara air penyejuk dan permukaan logam pemeluwap, yang menjejaskan kecekapan pertukaran haba. Apabila skala semakin tebal, ia memerlukan lebih banyak tenaga untuk mencapai kesan penyejukan yang sama, yang membawa kepada pengurangan kecekapan sistem, kos operasi yang lebih tinggi dan peningkatan kehausan pada sistem. Pembentukan skala juga boleh menyebabkan pengurangan kapasiti aliran dalam pemeluwap, mengakibatkan tekanan dan suhu yang lebih tinggi. Untuk memerangi kesan ini, banyak pemeluwap yang disejukkan air menggunakan pelembut air yang menghilangkan ion kalsium dan magnesium, atau menggunakan bahan kimia anti penskalaan untuk menghalang pembentukan skala.

Kualiti air dengan tahap pH yang melampau (sama ada terlalu berasid atau terlalu beralkali) boleh menyebabkan kakisan komponen logam dalam kondenser yang disejukkan dengan air . Air pH (berasid) rendah boleh menyebabkan pengoksidaan permukaan logam, membawa kepada karat dan melemahkan integriti struktur pemeluwap, manakala air pH (beralkali) yang tinggi boleh menyebabkan kakisan alkali, yang merosakkan permukaan logam. Kehadiran klorida, sering dijumpai dalam air laut atau air penyejuk industri, boleh mempercepatkan kakisan pitting, yang membawa kepada kerosakan setempat. Untuk mengelakkan kakisan, air perlu dirawat untuk mengekalkan julat pH yang optimum, biasanya antara 7 dan 8.5, yang sesuai untuk mencegah hakisan berasid dan beralkali. Perencat kakisan, seperti fosfat, sebatian zink, atau silikat, biasanya digunakan bersama-sama dengan ujian air biasa untuk memastikan kualiti air berada dalam had yang boleh diterima.

Sumber air yang mengandungi sedimen, kotoran, atau bahan zarahan lain boleh menyebabkan penyumbatan dan penyumbatan dalam sistem paip dan penukar haba pemeluwap yang disejukkan air. Zarah pepejal ini boleh menghalang aliran air, mengurangkan kapasitinya untuk membawa haba dari pemeluwap. Aliran yang dikurangkan meningkatkan tekanan di dalam pemeluwap dan mengurangkan kecekapan penyejukan keseluruhannya. Dari masa ke masa, pengumpulan sedimen boleh menyebabkan haus kasar pada komponen dalaman, meningkatkan lagi keperluan penyelenggaraan dan potensi kegagalan. Untuk mengurangkan masalah ini, sistem penapisan atau penapis biasanya dipasang pada titik masuk air untuk menangkap zarah besar sebelum ia memasuki pemeluwap. Sistem ini direka bentuk untuk mengeluarkan pasir, kelodak dan pepejal terampai lain yang boleh merosakkan komponen dalaman atau mengurangkan prestasi.

Biofouling berlaku apabila mikroorganisma, seperti bakteria, alga, dan kulat, terkumpul pada permukaan pertukaran haba pemeluwap. Apabila dibiarkan, mikroorganisma ini boleh membentuk biofilm, yang bertindak sebagai lapisan penebat yang menjejaskan pemindahan haba dengan ketara. Biofilem juga menggalakkan kakisan dan penyumbatan, seterusnya mengurangkan kecekapan sistem. Biofouling adalah lebih biasa dalam sistem yang menggunakan air permukaan (sungai, tasik, atau air laut) yang mempunyai tahap bahan organik yang lebih tinggi. Pertumbuhan alga amat bermasalah kerana ia boleh menyekat aliran air dan membawa kepada peningkatan penggunaan kuasa apabila sistem mengimbangi kecekapan pemindahan haba yang berkurangan. Untuk memerangi biofouling, sistem rawatan air selalunya termasuk biosid kimia (seperti klorin, bromin, atau sebatian berasaskan tembaga) yang membunuh mikroorganisma sebelum ia boleh membentuk biofilm. Rawatan cahaya ultraungu (UV) ialah satu lagi pilihan mesra alam untuk menghalang pertumbuhan mikrob.